一名自称柠檬的间谍因为任务出现于小新面前，她声称将协助接受动感超人的请求而成为“动感间谍”的小新。就这样，柠檬为了让小新能成为间谍，为小新做了许多训练，小新渐渐地习得间谍的各种技术，一对正义的小孩间谍搭档俨然成形。过了几天，“动感超人”向柠檬及小新传达新任务－“从部准方毕王国的邪恶博士手中夺回动感能量胶囊”。小新和柠檬在家政妇市原的协力下，顺利抵达了部准方毕王国，并煞费苦心地潜入“邪恶博士”所在的研究所。然而等在那里的并不是什么邪恶博士，而是研究“地瓜及放屁关联”第一人的方舟毕博士。在得知小新的来意后，博士向他解释其实他被托托方毕坦王国蒙骗了，根本不存在所谓的“动感能量胶囊”，托托方毕坦所觊觎的是能够使人大量排气的特殊地瓜“超级方舟毕Ⅱ”，而小新只是他们用完就丢的“钥匙”。然而基于对动感超人的信任，新之助听不进去方舟毕博士的解释，遂带着“超级方舟毕Ⅱ”逃出研究所……。